Ponad 800 lat temu młody człowiek z Asyżu usłyszał kazanie o tym, jak uczniowie Jezusa zostali wysłani „bez srebra i złota”. Ten fragment Ewangelii św. Mateusza wywarł na Franciszku takie wrażenie, że postanowił całkowicie poświęcić się życiu ubogiemu, tak jak apostołowie. Ubrał się w szorstką szatę, chodził boso i „bez torby na drogę ani laski” zaczął głosić pokutę. Usłyszał także przesłanie odnowy z pięknego krucyfiksu w opuszczonym kościele San Damiano; „Napraw mój Kościół”. Do Franciszka wkrótce dołączyli inni towarzysze, w tym młoda szlachcianka Clare. Opiekowali się trędowatymi zmuszonymi do życia poza Asyżem i naprawiali zrujnowane kościoły. Ich życie było niezwykle surowe, ale żyli radośnie, w głębokim duchu służby dla ubogich i wykluczonych, z ufnością w Bożą opatrznościową opiekę…

Św. Franciszek nauczał o niezwykłej miłości Boga do nawet najmniejszych ze swoich stworzeń i mówił o cudownej pokorze Boga, który zdecydował się urodzić w ubóstwie w Betlejem i który każdego dnia uniża się, aby być naprawdę obecnym pod pozorami kawałka chleba na ołtarzu.

W 1209 roku pierwsza grupa braci przeszła pieszo z Asyżu do Rzymu i jako niezwykły przykład działania Ducha Świętego, obdarta banda braci została przyjęta przez papieża Innocentego III, który zatwierdził ich sposób życia.

Liczba braci i sióstr szybko rosła, rozprzestrzeniając się z maleńkiego kościoła Matki Bożej Anielskiej, Porcjunkuli, a za życia św. Franciszka bracia osiedlili się w całej Europie. W tych wczesnych dniach pierwsi męczennicy Zakonu zginęli w Maroku, a Franciszek cieszył się, że ma braci, którzy oddali życie za Chrystusa. Sam Franciszek udał się do Ziemi Świętej podczas wypraw krzyżowych, gdzie odbył pełne szacunku spotkanie z sułtanem i rozmawiał z nim o sprawach duchowych.

Później Św. Franciszek otrzymał Stygmaty na Górze Alverna – zewnętrzne oznaki jego życia intensywnej modlitwy i oddania Męce Pańskiej oraz potwierdzenie pójścia śladami Chrystusa. Pomimo ciężkiego stanu zdrowia, nadal śpiewał Pieśń Brata Słońca na chwałę Boga i Stworzenia, aż w 1226 roku odwiedziła go Siostra Śmierć.

Po śmierci św. Franciszka (w 1226 r.) powstał między zakonnikami podział na dwie grupy. Pierwsza pragnęła zachować pierwotny radykalizm życia założyciela, należało do niej niewielu starszych wiekiem zakonników. Druga optowała za dostosowaniem funkcjonowania i działalności zakonu do ciągle wzrastającej liczby braci oraz do nowym zadań stawianych im przez Kościół. Tych była zdecydowana większość.

To napięcie załagodził generał św. Bonawentura z Bagnoreggio (1217-1274), określany drugim założycielem zakonu. Pod koniec XIII w. franciszkanie mieli klasztory w wielu krajach europejskich, a ich liczba przekroczyła 30 tys. Wówczas w zakonie pojawił się kolejny ruch reformatorski, tzw. Spirytuałowie. To oni zapoczątkowali tzw. obserwację, czyli ruch ścisłego przestrzegania reguły. Ruch ten w połowie XV w. znalazł wielkiego protektora w osobie św. Bernardyna ze Sieny (1380-1444), wikariusza generalnego zakonu.

W 1517 r. papież Leon X zwołał w Rzymie kapitułę wszystkich franciszkanów, zarówno obserwantów, jak i tych, którzy stanowili trzon zakonu – konwentualnych, którzy sprawowali nad obserwantami formalną władzę. Do 1517 r. zakon miał jednego generała, był nim zawsze franciszkanin z głównego nurtu (konwentualnych).

Na tej kapitule obserwanci otrzymali niezależność, zostali nazwani Braćmi Mniejszymi Regularnej Obserwy, została im powierzona pieczęć zakonu. Ta decyzja papieża stanowiła formalny podział zakonu na dwa autonomiczne zakony: Braci Mniejszych Konwentualnych i Braci Mniejszych Obserwantów. Od tej pory każdy zakon wybierał własnego generała.

W kolejnych latach w zakonie obserwantów tworzyły się nowe odłamy: reformaci, alkantaryści, rekolektanci, bracia tzw. „małej reformy”. W 1897 r. papież Leon XIII połączył wszystkie te odłamy w jeden zakon o nazwie Zakon Braci Mniejszych.

W XVI wieku wśród kolejnych ruchów reformatorskich wyłoniła się frakcja Mateusza z Bascio, co zapoczątkowało powstanie trzeciego zakonu franciszkanów. Ten odłam miał wsparcie i formalną opiekę w zakonie konwentualnych. W 1528 r. papież Klemens VII wydał zgodę na powstanie nowego Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów, oficjalnie został zatwierdzony w 1619r.